下面介绍实际开始质子线治疗的大致流程。
为了精准地将质子线照射到肿瘤病灶上，进行质子线治疗需要根据患者的具体情况制定治疗方案，制作固定身体用的器具和照射器具等做好准备工作。
- 向患者浅显易懂地就病情和治疗方法进行说明，让患者能充分理解。
医生根据患者带来的介绍信和影像数据以及诊视，掌握病灶和患者身体的总体状况，研讨质子线治疗是否是患者的最佳选择。初诊当天会进行诊视并根据需要安排检查。医生会向患者浅显易懂地就病情和治疗方法进行说明，同时也仔细问询患者的状况，进行综合判断。也可能会不建议进行质子线治疗，具体视病情而定。
决定接受质子线治疗后，进入治疗开始的准备工作。在准备期间要来医院2次左右，配合准备工作。
为了不因在质子线照射中患者身体移动而造成照射位置偏移，要根据每个患者的体形制作专用的固定器具。制作固定器具的时间只需1至2分钟。
固定器具制作完成后，让患者装上固定器具拍摄用于制定治疗方案的CT图像。
由主治医师和医学物理师根据患者的病情，用计算机计算质子线的照射角度、深度、剂量和次数等，制定具体且严谨的治疗方案。
治疗方案制定后，主治医师、其他医师、医学物理师、放射技师和护士进行研讨，所有参加研讨会的医护人员就治疗方案是否切实可行进行讨论和审核，并对治疗中的患者的治疗方案的更新和新患者的病情等进行信息共享。研讨会每天早晨进行。
- 每天早晨召开研讨会，全体医师对各位患者的治疗方案和治疗经过进行审核，共享信息。
- 主治医师和医学物理师根据病灶状态制定治疗方案。决定详细的照射剂量和次数。
为使质子线准确照射于病灶，根据患者的病灶量身定制两个形成照射形状和进深的照射器具“准直器”和“补偿器”。
- 在照射控制室，放射技师们正在调整质子线的剂量，检查是否正常照射。
将准直器和补偿器设置于专用的装置上，照射质子线，测定剂量和分布。确认测定结果与治疗方案没有出入，在准备到位的阶段正式进入治疗。
终于要开始质子线治疗了。
在治疗期间，从周一到周五*¹天来医院照射质子线。
照射次数和时间根据每位患者的病情而定。
*¹ 设备维护日和节日除外。
用X光片确认准确的照射位置
为了能精准照射质子线，拍2个方向的X光片确认位置。
为了提高质子线照射精度在照射口设置两个重要的照射器具
根据病灶形状制作的决定质子射束轮廓的准直器（右）和将质子射束对准病灶进深的补偿器（左）。将这两个器具装在照射口前。治疗期间随着病灶逐渐变小，这些器具都要重新制作。
根据每位患者病灶的大小和深度制作的补偿器（左）和准直器（右）。如果变换角度照射，也要分别制作。
运用筑波大学开发的呼吸同步照射系统更精准照射
人呼吸的时候，横隔膜会上下运动（3至4公分），与此相随肝脏和肺也上下活动。为了不受呼吸的影响，每次都照射在同一位置，筑波大学开发了呼吸同步照射系统。将激光传感器放在患者腹部，检测动态，预计照射时机，只在该位置照射质子束。
治疗时间为15至30分钟
照射中不会感到疼痛等不适。照射本身每次1至3分钟左右即结束，加上确认位置等一般要15至30分钟左右。
为了不使身体移动，照射中患者躺在按自己体形制作的固定器具上。
（有些患者还要装上头部固定器具。）
治疗后的后续疗效观察
质子线治疗结束后，本中心与介绍您来的主治医生协作进行后续疗效观察。3个月来本中心看一次门诊，诊视您在原主治医生那里的治疗效果和检查结果。治疗后5年里也可在本中心进行疗效观察，由医师从质子线治疗专家的角度给予必要的建议。本中心随时接待患者治疗后的咨询和答疑。
